赵顼一时也不知如何处理才好，便朝王安石望去。王安石本来一直垂目而立，面无表情，既不附议攻击吕惠卿也不出言为其辩解，但此时感觉到了赵顼询问的目光，便轻叹一声，出列劝道：“惠卿年轻，处事也许是有不慎重之处，但说朋比欺国未免太过。惠卿多年相助陛下与微臣大力变法，功大于过，何况现今《三经新义》尚未撰成，若在此时降罪于修撰此书的变法重臣，于情于理都是不合适的。”
赵顼点头同意，遂未按众人建议贬放吕惠卿。
王雱很不理解父亲的行为，认为好不容易把吕惠卿逼入困境却被父亲一句话解救出来，几乎前功尽弃。王安石向他解释道：“我还是那句话：现今变法形式尚不稳定，旧党虎视耽耽准备伺机反击，我们不能在这个时候大闹内讧给旧党口实与诬蔑新党行事的机会。对反对变法的人坚决打击并无不妥，但对自己新党中人还是得饶人处且饶人。”
王雱仍不以为然，但见父亲已经出面请皇帝放过了吕惠卿，自己暂时也不好再借此事打击他，于是不再多说，又埋头对即将完成的《三经新义》进行最后的修撰工作。
熙宁八年六月，《三经新义》修撰完成。赵顼lùn_gōng行赏，加王安石为尚书左仆射兼门下侍郎，吕惠卿给事中，王雱进龙图阁直学士。王雱心下暗觉龙图阁直学士名声虽好，但实际意义不大，不是他想要的可掌实权的官，遂称病请辞。吕惠卿得知后进宫面圣，劝赵顼说王雱年纪轻轻，尚不足以做学士，不如就此批准他的辞呈，让他再学习积累几年也是好的。经过谋反案一事的溃败，他见识到了王雱的厉害，认为他将来对自己来说会是一个比王安石更危险的对手，所以决定竭力杜绝一切可令他晋升的机会，以免他得势之后危及自己。
赵顼接纳了吕惠卿的建议，同意王雱辞去此职。
雯儿又通过朱夕蝉得知此事，忙不迭地告诉了哥哥。王雱勃然大怒，道：“辞官虽是我自己提出，但关他吕惠卿何事，竟然如此卑鄙无耻地在背后进谗言诋毁我，惟恐皇上不批准我辞官！此等小人不杀难解我心头之恨！”
于是命依附于己的蔡承禧、吕嘉问等一干大臣密查吕惠卿劣迹，怕王安石知道后反对便一直瞒着他。
蔡承禧先弹劾道吕惠卿兄弟吕升卿考国子监时，监考的竟是吕惠卿的妻弟方通，明知应回避而仍行之，是刻意蒙混欺君以求私利。赵顼便罢了吕惠卿参知政事之务，但仍留用在朝中。
邓绾原先做吕惠卿死党时掌握了他不少奸迹，现在见他大势已去便放下心来揭发出来以求献媚于王安石父子。在得到王雱的批准后向赵顼奏说吕惠卿乘新法推行之机以权谋私，与其弟崇政殿说书吕升卿、曲阳县尉吕和卿与华亭知县张若济狼狈为奸，仗势强借华亭富民朱华等人钱五百万，用以私置田产五百顷，并使其舅父郑膺强夺民田，使僧人文达强夺王竺僧舍等等。这些卑劣行径已激起当地民愤，使新法大失民心，推行受阻，甚至影响陛下声誉……
赵顼大为惊讶恼怒：他一直信任的新法主力重臣公然弄权谋利？！简直自毁变法者名节，势必将成为变法历史上一大污点。于是下旨令置狱严查追究。除吕氏兄弟外所有涉案之人均被捕入狱，到了十月，赵顼终于决定将崇政殿说书吕升卿权发遣江南西路转运副使，而将吕惠卿调出京都，出知陈州，并随即将吕惠卿推行的手实法也一并废除。
吕惠卿的下台虽解除了他对王安石的威胁，但也同时如王安石担心的那样引来了旧党对变法党人的新的攻击。张方平、吕公著相继上疏借新党内讧之事弹劾置疑新法，甚至连王安石的弟弟王安礼也上表奏道：“乘机射利者，用力殚于沟瘠，取利究于国夫，足以干阴阳而召星变……”直指新党佞人横行弄权谋利损害国民利益。
现下导致的窘境也令赵顼头痛不已，而且他其实也对王、吕内讧深为不满，变法尚未真正成功，而自己全心信任维护的变法主将居然为自己私利明争暗斗、相互倾轧。更为严重的是，从此案中他分明地看出了朝中大臣结党营私、朋比为奸的惊人现状。心寒、心痛、心惊是他现在最大的感觉。他把王安石召来，默默无言，只把一推弹劾新法的奏疏摆在他面前，而王安石立即明白了皇上是以这种冷漠的方式表达对他的不满与斥责。他无法辩解，只黯然长叹，心想以往的默契与信任渐渐消失，他们君臣之间的距离势必越来越远了。
但王雱还不想就此放过已被外放至陈州的吕惠卿。他与吕嘉问及王安石另一门生练亨甫合谋，让吕嘉问和练亨甫设法从中书刑房窃取邓绾弹劾吕惠卿“华亭案”的条列案情及皇上“置狱鞠治”的谕示，然后王雱再借去东府探望父亲之名，将这些文件杂于东府下达刑堂的资料中，想造成皇上亲令追查的假象，使刑堂制狱严惩吕惠卿。这些事都是在王安石毫不知情的情况下进行的。
岂料当日刑堂值勤的堂吏恰好是吕惠卿昔日的亲信。见状立即遣人赶往陈州将此事告之吕惠卿。吕惠卿闻说后拍案而起，大怒道：“王雱欺人太甚！如此休怪我无情，要对不起你父子了！”
于是他又提起精神，准备孤注一掷，用他最后保有的有力“证据”为武器，誓将王安石父子打入万劫不复之境地。
注：《三经新义》书名其实是在全书修撰