后来，巫合自己都无法说服自己要去跟凶残杀害“家人”的敌人“握手言和”，更何谈其他的巫族人。巫合知道，妖族那些人也是这么想的。
巫妖大战，避无可避。
在最后一次跟在洪荒中最与自己聊得来的齐轩发去通信后，巫合就参与进了巫妖之间的战争。他也曾想过要不要寻求救兵，可齐轩是他在洪荒中，唯一的“朋友”，能让他偶尔想起前世家乡的朋友，巫合不愿让齐轩牵扯进巫妖大战的这潭浑水。
这是一场，不是你死，就是我活的战争，而天道，高高在上，看着洪荒大陆中的生灵，演着悲喜剧。
齐轩不知道后来的巫合怎么样了，因为巫合不再跟他联系，外面的世界巫妖大战轰轰烈烈，齐轩却只是坐在小院子里，一个人下着围棋。
这一次的战争并非全面战争，结果妖族惨胜，虽说是惨胜，可他们确实“打败”了巫族，于是在洪荒中愈发的横行无忌起来，而巫族蜷缩后，所有巫族人都希望祖巫们可以出手。
但祖巫们一直没有太多动静，就跟妖族的高层帝俊、太一、鲲鹏等都没有动一样，唯一出面的女娲，也是为了寻找成圣的方法，从来没有参与过战争。若是参与了，这巫妖之战便是最后的决一死战。
双方之间的仇恨更加深了，但双方也都在休养生息。巫族的“安静”让妖族渐渐放松了警惕，妖族在洪荒大陆上一时无两，女娲也在长久的入定后顿悟了成圣的方法，她在洪荒大陆的一隅捏泥造人而成圣，成为了新生种族，人族的“母亲”。
听说她当时先是自己捏了几个泥人，后来就是手握泥土，甩到了地上，那些泥就变成了人。
在造人并且教会懵懂的人族如何繁衍后，女娲非常标准的当了甩手装柜，变成了高高在上的圣人之一。
这一段时间里，当初在紫霄宫中分到鸿蒙紫气的几人纷纷成圣，除了三清、女娲以外，还有准提和接引，只除了红云，竟然死了，却又在死后不知所踪。
人族既出，女娲当了甩手掌柜，可其他的圣人却非常看重人族，因为人族身上的气运，乃是圣人们生平仅见，可谓天道偏爱。三清分别立下人教、阐教、截教，准提和接引也立下了西方教，也是在立教后，众人顺利成圣。
巫合当然也知道人族的优势和宏大的气运，看着对妖族充满了仇恨的巫族，巫合也想学着女娲那样得到功德，好稍微改变一下巫族的气运。于是也去了人族中，他已经是一个踏入了大巫门槛的巫人，比不上共工等人，却也非常厉害了。
巫合自认为自己的能力稍有欠缺，但还是想要搏一搏，他在人族中对天立誓，愿意授人族存活之技，指人族传世之基。
因为已经有老子的人教，所以巫合避开了教化万民，使人智之，选择了这样的誓言。
可是三清和接引二人都是距离成圣只有一步之遥，身怀天道之命，才能在立下誓言后得圣人气运，而巫合不仅仅是天道下注定要毁灭的巫族之人，更没有圣人那种不灭的寿命，连完成自己誓言的基本保障都没有，天道自然不回应巫合。
那日，巫合一人在一无人山头痛哭，他好恨，恨这天，也恨自己的无能为力。
巫妖之间的第二次战争终于在几百年后，再次毫无预警的爆发，是巫族首先发难，妖族被打了个措手不及。因为巫族的龟缩，还有妖族中的女娲成了圣，让妖族愈发的肆无忌惮，对巫族也不曾留情，故而，这一次的战斗，祖巫尽出，占了先机，妖族的帝俊等人，也不得不参与进了战斗中，这一次打的比上一次还要激烈。
有一天，整个洪荒在剧烈的震动后，作为西方世界支柱的不周山被共工撞倒，于是天塌了，天河之水注入洪荒，洪荒中的生灵们发出比龙发大战时更加惊恐绝望的哀嚎声。好在此时，十二祖巫中的后土娘娘早已以身化轮回，死掉的那些生灵，不至于一直都呆在那里，无处可归。
在天河之水的事情中，受难最大的，是刚刚开始发展的人族，人族们在这几百年中，才学会了基本生存技巧，聚成部落，靠打猎养活自己。人族中的大部分人没有洪荒生灵的神奇能力，对这样的“天灾”完全没有抵抗能力，死伤惨重，几近灭族。
作为人族“母亲”的女娲，不得不出面挽救人族。人族是她成圣的依凭，她自然不能让人族灭亡，不然她便会直接失去造人的功德，从圣人之位陨落。
女娲算出自己需要炼制五色神石来补天后，便整个洪荒的四处寻找五色神石，在这过程中，曾经遇到过在山头上遥望远方的齐轩，见齐轩背有神光，竟然也算不出齐轩的命理，就化作一个普通的修士与齐轩谈天，得到齐轩的指点，来到了东海外仙山中的天台山上，取了五色土，炼出了五色神石补上了天。
可天都已经塌了，女娲又抓了那只在东海里背着仙山的巨大神鳖，杀了神鳖，剁了神鳖的四只脚，用这神鳖的四只脚撑住了塌下来的天空。
如此，女娲虽然杀了神鳖，却因为救世的功德而挽回了巫妖大战中，妖族的落败的局势，反过来直追巫族，最后，巫族还剩下来的几个祖巫，艰难的发动了十二都天神煞大阵，此阵乃需十二个祖巫共同创建，其威力就连圣人也要避其锋芒，灭一个妖族不在话下，可坏就坏在十二祖巫，已去其三。
齐轩再次出现在洪荒大陆上时，洪荒大陆上已经